北京大学出版社有限公司作为一家综合性大学出版社，其前身可以追溯到1902年设立的京师大学堂译书局和编书处，开创中国大学设立出版社之先河。译书局翻译“西学”教科书和其他图书，编书处编纂“中学”教科书，北京大学的出版活动从此开始。著名翻译家、思想家严复曾任译书局总办，文学翻译家林纾为副总办。编书处总纂为李希圣。1918年，北京大学成立出版部，出版大学教科书和学术著作，曾出版《北京大学日刊》《国学季刊》等有广泛影响的刊物和中国社会主义青年团中央的机关刊物《先驱》，还先后出版了杨昌济翻译的《西洋伦理学史》、黄节的《诗学》、钱玄同的《文字学音篇》、梁漱溟的《印度哲学概论》等一批著名学者编写的教材和学术专著。1952年院系调整后，根据国家的总体布局，北京大学停止了出版活动。从1902年至1952年，北京大学出版机构累计出版各种教材讲义和图书600余种。改革开放后，根据国家科学、文化和教育事业发展的需要，经政府主管部门批准，北京大学出版社于1979年恢复建制。

自恢复建制以来，北京大学出版社始终坚持正确的政治方向、舆论导向和价值取向，坚持把社会效益放在首位，秉持“为教学科研服务、为人才培养服务、为社会发展与进步服务”的办社方针，以出版更多推动社会发展和科技进步的优秀图书为己任，在导向管理、质量控制、精品生产和阅读推广上不懈努力，创造了经济效益和社会效益的双丰收。

2010年12月，北京大学出版社完成改制工作，注册登记为北京大学出版社有限公司，由此翻开了新的改革发展篇章。